Fra Brunsnæs kan du følge Gendarmstien ved at gå langs stranden. Du kan også vælge at gå gennem lågen ind over marken, men i så fald skal du være opmærksom på, at der kan gå kvæg på arealet. Du følger nu stranden til Kejserdom, hvor du går op til Gammel Færgevej. Herfra har du en fin udsigt til Holnis og Bokholmwik på den anden side af fjorden. Hvis det er højvande, kan det være en fordel at gå ad Gammel Færgevej fra Brunsnæs.
Ved Busholm drejer du ned til vandet igen og følger igen stranden et lille stykke, inden Gendarmstien drejer op på Hertugvej. Derefter tager ruten et stort sving rundt om Wolffsgaard med den smukke allé og kryptiske sten ved vejen. Herefter ender du igen ved vandet, indtil du er kommet forbi rørskoven i Skeldevig. Her har du udsigt til Langballigholz på den anden side af fjorden. Efter Skeldevig går Gendarmstien op gennem gården Skrækkehøj og ud til gården Måling. Stien følger nu vejen, indtil den drejer ned af en grusvej. Herefter fortsætter Gendarmstien over en mark med dyr.
Husk at følge anvisningerne på skiltene, mens du går over marken. Derefter følger du atter stranden.
Alternativt kan du efter Måling fortsætte ud af vejen til Rojhus med højvandsmærket og dreje til højre ned til Kragesand.

Efter Kragesand kommer en af stiens smukke naturattraktioner, "Liebestunnel". Bagefter fortsætter Gendarmstien langs den stenede strand til Frydenlunds P-plads. Hvis du gerne vil undgå den stenede strand, som kan være hård at forcere, kan du i Kragesand vælge at gå ad vejen op til Rojhus. Her går du til højre forbi indkørslen til Frydendal og igen til højre i T-krydset, ned til Frydenlund P-plads.
Efter Frydenlund P-plads kommer du forbi et par smukt beliggende fiskehuse, hvorefter stien går over i en grussti, som fører dig til Skeldekobbel Skov. Her fortsætter du af en skovsti, ned forbi en stendyse, og hen langs vandet til en primitiv overnatningsplads. Ruten fortsætter op gennem skoven via grusstien.
Alternativt kan du forsætte langs vandet i Skelde Kobbelskov og nyde den smukke kystskrænt, hvorefter du kan vandre ad asfaltvejen tilbage på Gendarmstien.

Fra Skeldekobbel løber Gendarmstien langs vejen til Broager Strand Camping ved Spar Es, hvorefter den går over i en marksti til Gammelmark – og den smukke udsigt over Sønderborg by.
Alternativt kan du ved Stensigmose vælge at gå ad sporet i landskabet, ind gennem overdrevet. Ved Gammelmark klinter er der mulighed for at tage Gratelundstien op over Gratelund til Dynt – eller blot tage en tur rundt om Dynt Hoved med det tyske kanonbatteri fra 1864, hvorfra man beskød de danske skanser på Dybbøl og bombarderede Sønderborg by.